Todos los lagos argentinos se encuentran en la Patagonia, ya sea en la misma cordillera andina (de origen tectónico) o en la región extracordillerana (de origen erosivo). Algunos lagos cordilleranos son compartidos con Chile (de Norte a Sur: Gral. Vintter, Buenos Aires, Pueyrredón, San Martín y Fagnano).
Los lagos de los Andes patagónicos de exclusiva soberanía argentina son el Argentino,el Viedma , el Nahuel Huapi y otros menores. Los lagos más importantes de la Patagonia extraandina son el Colhué Huapi y el Musters, ambos en la provincia de Chubut.
Las lagunas se encuentran esparcidas a lo largo de todo el territorio nacional. Algunas de ellas son de origen marino y tienden a desaparecer, transformándose con el paso del tiempo en salinas. Otras son simples acumulaciones de agua de lluvia o de agua procedente del deshielo, que anegan las zonas deprimidas. En las llanuras hay numerosas lagunas, tanto de agua salada como de agua dulce, sobre todo a lo largo de la depresión chacopampeana, así como también en la provincia de Buenos Aires.